Pelaksanaan program Pria Kaum Bapa membutuhkan koordinasi lintas aras.

Aras Sinode bertugas menyusun kebijakan, menyediakan bahan ajar, mengoordinasikan Camp Pria Bangkit, HAPSA, pelatihan pengurus, dan Huyula, membangun kemitraan, serta melaksanakan monitoring dan evaluasi. Pelaksana utamanya adalah PELKA PKB Sinode dengan koordinasi BPMS, khususnya Wakil Ketua II, Komisi Kurikulum, Komisi PWG, BPMW, PGI, SAG Suluteng, dan mitra terkait.

Aras Wilayah bertugas mengoordinasikan program antarjemaat, mendampingi pengurus jemaat, menentukan lokasi kegiatan Huyula, memperkuat jejaring Kaum Bapa, serta menyampaikan laporan kepada Sinode.

Aras Jemaat bertugas menerjemahkan Renstra dan Kurikulum ke dalam program tahunan PELKA PKB, melaksanakan ibadah serta pembinaan rutin menggunakan GEMALA, mengembangkan kelompok persahabatan pria, memperkuat ibadah keluarga, dan melibatkan Kaum Bapa dalam pelayanan gereja serta masyarakat.